L’intitolazione della chiesa a San Jacopo risale al XV secolo; in origine era dedicata a S.Mamiliano come risulta da una scritta presente sull’architrave della facciata. Orientata verso sud-est ha una pianta a tau. Il braccio sinistro del tau si appoggia direttamente sulla robusta torre campnaria quadrata.
Oggi dell’antica chiesa si conserva la facciata a capanna in conci di verrucano ove sono presenti tutti gli elementi architettonici decorativi tipici della maggior parte delle chiese circostanti. Da documenti trecenteschi risulta come canonica secondo la regola di Sant’Agostino.
Nel 1496 risulta tenuta a titolo di commenda perpetua dal Cardinale Giovanni De Medici (futuro Papa Leone X).
Nel 1515 la prioria di Lupeta ebbe un nuovo priore: Baldassarre Turini da Pescia (fedelissimo del Cardinale Giovanni De Medici) che dal 3 Maggio 1520 aveva decretato l’unione di S.Mamiliano alla mensa capitolare di Pescia; tali canonici ne presero possesso nel 1534.
A causa dei molti problemi dopo dodici anni di gestione diretta il capitolo di Pescia decide di affittare in blocco tutti i beni con l’obbligo del conduttori di provvedere alla manutenzione ed all’ officiatura della chiesa. Nel 1547 furono dati, per sei anni, a Michele Grifoni di S.Miniato e tra coloro che condussero detti beni più a lungo ricordiamo il canonico Rosellini di Pescia, il capitano Pavia bargello di Pescia e successivamente di vico, i Perelli di Calcinaia e tra i vicaresi i Benedetti, i Paoletti, i Baroni, i Magnani ed i Balducci Dopo l’unità d’italia il capitolo aliend definitivamente la chiesa con parte dei beni a Domenico Balducci (vicarese)con atto del 10 Ottobre 1867. una lapide all’interno della struttura ricorda l’evento. Dalla famiglia Balducci passò alla famiglia Crastan che nel 1960 la donò allo Stato.
Nella parte superiore della facciata, a destra della bifora, troviamo una pietra scolpita di riporto. E’ una successione di tre figure di difficil interpretazione. L’ipotesi più probabile identifica nella figura centrale Daniele, in quella di destra il profeta Habacuc ed in quella di sinistra Giobbe oppure il Re-giudice Daniele. Datato tra vill e IX sec.
Al di sotto del capitello è scolpita una testa di lupo simbolo, forse della comunità di Lupeta.
All’interno dell’unica Navata, sulla parete sinistra, si notano cinque nicchie rettangolari che dovevano servire le lucerne. Al lato del portalino di accesso una piccola acquasantiera in marmo. Al termine della parete tracce di affreschi trecenteschi. Nella parete destra si trovano una lastra che ricorda il passaggio della chiesa dal capitolo di Pescia alla famiglia. Balducci, un bassorilievo ed alcune mensole scolpite.
Nel bassorilievo, nella successione figurale da sinistra a destra, sono distribuiti quattro personaggi. Tutto potrebbe rappresentare Cristo Sacerdote vittima nell’evidente richiamo allo Spirito Santo. Datato tra il ix ed il x secolo.
Nella zona presbiterale si accede ai due bracci del transetto tramite ampi archi a tutto sesto. I capitelli dei pilastri presentano decorazioni scolpite. Dal braccio sinistro si accede alla piccola sacrestia tramite una porticina sopra la quale si notaro tracce di pittura su muro.
Nel braccio destro sono visibili pilastri sormontati da un capitello decorato con le stesse caratteristiche di quello presente nel portale sud-est (decorazione a spirale). Sempre a destra resti di affreschi staccati e riportati su tavola. Pannello con tre santi: S. Giovanni Battista, alla sua destra un Santo Vescovo benedicente (forse San Mamiliano) ed alla sua sinistra un altro santo identificabile in San Girolamo per la veste che lascia libere le gambe.